进入90年代以来，我国主要棉区黄萎病呈大发生趋势，其原因在于病菌的广泛传播与积累，气候及棉田环境有利发病，棉花品种抗病力弱等。此外，还和棉铃虫的大发生使化学农药治虫增多密切有关
从1995年在河南、河北的黄萎病地用9个棉花品种进行的多点试验看出：按常规用杀虫剂防治棉铃虫的处理，黄萎病平均发病株率达66．1%，平均病情指数为33．7；而同样品种在相同条件下基本不用杀虫剂只喷清水的，平均病株率仅27.7％，病指15.3。杀虫剂的使用与否对黄萎病的发生情况的差异极为显著
据初步观察表明，杀虫剂对棉花的影响主要是：生长减慢，根系弱，株高降低，叶功能受阻（气孔启闭呆滞），易早衰。1996年又进行相关的室内和田间试验。结果与上述相似，并进一步表明使黄萎病加重的主要是有机磷农药，如辛硫磷、甲胺磷等。喷用辛硫磷和甲胺磷的平均黄萎病株率分别为68．6％和43.9％，平均病指分别为17．7呼11．4而喷清水的对照病株率为16.7％，病指为4.5。实际上这可能是药害，尽管在棉株外观上不明显，而是否内在的对黄萎病的抵抗力下降了，有关机理有待进一步研究。试验还表明灭多威对黄萎病发生无不良影响
从以上试验结果看出，大量使用化学杀虫剂会加重棉花黄萎病的发生。从另一角度看，还应通过加强棉田管理，创造有利于棉花生长发育增强抗病能力的环境，同时使之不利于黄萎病菌的增殖、蔓延和侵染，达到防病保棉的目的。因此，为了有效防治黄萎病，除了采取加强植物检疫，培育抗病品种，实施轮作倒茬，注意清洁棉田等措施外，还应该考虑到在防治棉花害虫中尽量减少化学农药的使用，尤其是有机磷农药，即使使用山要切忌盲目提高浓度增加药量，以免棉花受药害而降低自身抗病力