同时湖泊普遍受到氮、磷等营养物质的污染，富营养化程度严重，75％的天然和人工湖泊出现富营养化；其中10%的湖泊达到严重的富营养化程度。我国的主要湖泊中有52%以上受到不同程度污染，主要污染物是CODMn、酚、氨氮等
主要污染指标为氨氮、五日生化需氧量、高锰酸盐指数和石油类。1999年全国工业和城市生活废水排放总量401亿吨。我国江河水质污染主要为耗氧有机物。其中，珠江、长江水质较好，辽河、淮河、黄河、松花江水质较差，海河污染严重。2005年，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河和辽河等七大水系的411个地表水监测断面中，Ⅰ～Ⅲ类、Ⅳ～Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例分别为41％、32％和27％。长江接纳污水量最大，平均每日接纳废污水量达3569万吨。低于Ⅳ类水质的水，由于水中有害物质含量已高出有关规定的指标，影响人体健康，不能作为饮用水，也不能作为渔业用水。据对辽河、海河、黄河、淮河、长江、珠江、松花江等水系监测，有63.1%的河段水体遭到污染
工业废水和生活污水排放，以及农业面源污染使许多河湖（如巢湖、滇池、太湖等）湿地及沿海水域水质恶化，加速某些湿地水体富营养化和寄生虫的流行，生物多样性受到严重危害。湿地污染是湿地退化重要标志，也是中国湿地面临的最严重威胁之一
海岸带污染引起赤潮发生频繁、生物资源质量下降、局部滩涂成了死滩。海岸带湿地水质和底质污染主要是由陆源污染物引起的。其中以有机污染物为主，占93.51%，其次是石油类、重金属、有机氯农药等。沿海10个省（自治区、直辖市）每年排入海中污染物总量657万吨