民国八年，重新翻修，后来一再扩建，现在规模是九华山全山寺院之冠。初建于16世纪中期、明代嘉靖年间，清代多次重修和增建。祗园寺是九华山“四大丛林”之一，位于九华街入口处
此外尚有方丈寮、退居寮、挂褡寮、衣钵寮和拨火寮等许多房舍，回旋曲折，宛如迷宫。山门的前墙安有三重琉璃飞檐，蔚为壮观，门里有哼哈二将和红脸三目、手执钢鞭的王灵官。祗园寺是九华山寺庙中唯一的宫殿式建筑，雕梁画栋，金碧辉煌，包括山门、天王殿、大雄宝殿、三进殿和上百间堂屋。大雄宝殿内端坐有三尊喷金大佛，高6米余，是九华山所有寺庙中最大的佛像，两旁列着十八罗汉，气氛庄严肃穆
其中《龙藏》，又名《清藏》，全称《乾隆版大藏经》，完成于乾隆三年（公元1738年），是清代唯一的官刻汉文大藏经，全藏共收经1669部，7168卷。藏经楼内珍藏稀珍经书。祗园寺东侧是藏经楼、上客堂