然后在根状茎表面有间隙地长出一丛丛根毛状假根，在分化培养基上，根状茎的顶芽才可长出幼苗，但分化出苗率极低，地生种的兰花以此方式萌发。另一种是根状茎方式，其种子萌发时，开始也呈白色圆球形，但很快伸长成为长柱形，形成根状茎
兰花无菌播种有2种植株萌发方式
一般原球茎均可分化成苗。附生种的兰花以此方式萌发，蝴蝶兰、嘉德丽雅兰和大花蕙兰的种子均以原球茎方式萌发。一种是原球茎方式，种子萌发初始，都形成白色圆球形的原球茎，随着原球茎体积的增大，其上出现毛状假根，继而原球茎转变为绿色，但原球茎不伸长，由原球茎顶端萌发出芽
然后，转至花宝1号或MS+BAl毫克／升的培养基中，50～60天后长成2～3片叶的小苗。用刀片将果荚内细如粉尘的种子取出，置于花宝1号(N-P-K：7-9-16)+香蕉50克／升+乳蛋白2克／升+蔗糖20克／升+琼脂8克／升的培养基中，播种15天可见淡绿色的已膨大了的胚，50～60天形成1．5～2毫米的原球茎。再转至花宝1号生根培养基中，约60天后长成叶片间距6～8厘米的完整小苗。其操作步骤如下：将发育成熟蝴蝶兰果荚用75％酒精擦洗干净，用0.1％的HgC12消毒8～10分钟，无菌水冲洗5次，吸干。因此，蝴蝶兰播种至出瓶约需5～6个月
种子繁殖的苗称为实生苗。蝴蝶兰需经人工授粉才能获得种子，但其种子发育不全，没有胚乳，只有一层极薄的种皮，在自然条件下播种不易成功。1922年，美国的Knudson首先发明了兰花的无菌播种技术，使兰花经组织培养无菌播种能获得大量的植株，大大地促进了兰花的育种、种苗生产和商品化栽培。种子繁殖是目前蝴蝶兰商品化生产中常用的方法
由于果荚内种子数量较多，1个果荚便可繁殖出成千上万的植株。因此，一般商业上的栽培用种主要采用无菌播种法。授粉成功的花朵3～4个月后果荚便可进行试管无菌播种。蝴蝶兰的实生苗目前占蝴蝶兰全部种苗的60％～70％
授粉时的温度、光照对授粉成功与否有较大的影响。蝴蝶兰在开花后4～6天进行授粉的成功率最高。若花粉变成深黄色至黄褐色，压之不会散开，这样的花粉进行授粉通常不能成功。用于授粉的花粉必须为鲜黄色，粘性好，松散而不板结，最好用刚开花的花粉