在草菇栽培中，常见的有害微生物有以下几种：
当菇菌上出现这些杂菌时，表明草菇即将长出。鬼伞类杂菌这是生活习性与草菇相似的腐生菌，常见的有毛头鬼伞、墨汁鬼伞等。但它们的生长会消耗培养料的养分，因此要及时摘除。做好菇场消毒工作和用4%的石灰水浸泡稻草是预防鬼伞类杂菌的常用方法
疣孢霉菌丝体呈现白色，棉毛状，能使子实体腐烂，流出黄色分泌物，也可引起草菇畸形，严重时导致草菇停止生长。疣孢霉可以通过蘑菇传染给草菇，因此，要严禁用蘑菇废床料种草菇。如局部受污染的，用20%甲醛消毒
小菌核与草菇争夺养料，并且分泌毒素，危害严重时甚至不出菇。局部污染时，用生石灰粉处理。小菌核菌丝比草菇菌丝粗壮，色泽洁白，有丝状光泽