有专家认为，由于不育性基因工程树不能产生花粉、花或果实，影响一大批以花粉、花或果实为生的昆虫、鸟类和哺乳类动物的生存，而昆虫的减少又直接影响食虫鸟类的数量，继之影响哺乳类的数量，然后反过来又影响猛禽的数量。三是不育性基因工程树可能影响昆虫、鸟类和哺乳类动物的生存。这些地区森林生态系统的生物链被拆毁，最终走向消亡
但却有专家指出，在做安全评估时，必须考虑每种转入基因后植物体产生的毒性，以及混合后组合的毒性对人体健康的影响。同时，转基因水稻可能成为对环境有威胁的农作物。曾经在湖北和福建的实验田成功育成的转基因抗虫水稻能够把农药的使用减少80%，将虫害造成的减产降低了约7%。它们可能污染常规水稻
目前占我国全国棉花总面积70%以上的转基因棉花首先遭到质疑。蚜虫和粉虱等虫害十分猖獗，同时黄萎病、枯萎病害大面积爆发，导致产量下降的消息不断从各地转基因棉区传来。为灭杀蚜虫等非主要虫害，又被迫增加打药次数，加剧了环境污染，增加了农民购买农药的费用。专家认为，应是土壤中病害从棉花植系根部传入，表明转基因作物对抗枯萎叶病的能力降低
目前释放到野外进行田间试验的基因工程杨树，还没有数据证明其转基因已逃逸到天然群体。我国最早的商业化转基因林木已推广6年，但林业相关基因漂流的研究不多
2002年，我国成为世界上第一个批准商业化种植转基因树的国家，目前拥有世界上释放面积最大的转基因林木的林地。但单一种植该基因的无性系，就像商业化种植树木单一无性系一样，可能会导致生态问题
中国“三北”地区普遍发生的杨树天牛等害虫危害，专家认为与营造箭杆杨、大官杨等杨树单一无性系人工林有关，所以单一性更强的转基因林木面临同样的虫害危险。一是树木单一性种植对生物多样性产生破坏
对于基因工程树而言，它们均具有一些特殊的功能，使它们可能成为入侵物种，对地球生态系统造成危害。而我国内目前此类研究资料积累较少。另外，通过基因工程树与野生树种交配，发生“远缘杂交衰”，“基因同化”可能引起杂交后代对环境适应性减弱，造成小种群的消亡。四是基因工程树可能成为入侵物种导致“基因同化”
而如今人们将目光聚焦在转基因树种
但目前我国这样的转基因树尚未种植，也没有看到这方面的研究论文。同时，快速生长的基因工程树在短时期内过度耗损土壤水分和养料，可能加剧林地生产力下降和恶化；耐除草剂基因工程树可能发生转基因的漂流，使野生同类或相近草种获得抗除草剂性能而成为杂草；降低木质素含量的基因工程树，其花粉若与野生同类树种杂交，则被“污染”树种的树干抵御强风袭击的能力减弱，对这类树木是毁灭性的灾难
因此，转基因树木的基因漂移应该引起关注。中国林业科学研究院林业研究所副所长卢孟柱认为：某些转基因树比起转基因作物更易对天然种群形成基因飘移，可能对自然群体的多样性产生影响
基因工程树的大规模种植，对自然生态系统可能发生有害作用，主要反映在对生物多样性的负面影响：
但这个结论尚无检测数据支持。研究表明，转基因杨树可能会改变林内的昆虫群落结构。有专家认为，转基因杨树昆虫群落的稳定性不如非转基因杨树。二是基因工程树以自身的特性可能影响生物多样性
有专家提出，果树被用于转基因研究可能对动物和人健康构成威胁；经转基因技术处理后的水果是否使人产生过敏反应，长期食用会否患癌症等致命疾病，这方面尚无检测数据支持，果树食品安全风险评价工作还是空白。此外，转基因果树食品存在安全风险。目前只有一种转基因工程果树（抗病毒番木瓜）在美国正式批准进行商业化种植
这种担忧并非空穴来风
根据该议定书，我国有义务通过国内立法全面履行其义务。因此，由国家最高立法机构出台一部转基因生物管理专项法律，已成为当务之急。但专家指出，该办法属于国务院条例，法律地位不高，不能适应转基因生物安全管理的需求；仅能在农业转基因生物及其产品领域进行相应管理，无法对林业和环保等其他领域进行管理。中国是《卡塔赫纳生物安全议定书》的缔约国。我国已颁布《农业转基因生物安全管理条例》(2001)，对农林业转基因生物的生产、进口、检验检疫、审批、标示与审查等作出了规范
随着科技的进步，各种转基因生物如雨后春笋般不断丰富着人们的视野，而在这种看似种类繁多的背后，却可能引发着破坏生物多样性的危险
基因工程树的速生性和广泛的工业利用价值，近几年来大大缓解了板材加工制造业的原料紧张局面，但同时基因工程树的大面积种植却引发了种种质疑——转基因树种，新生希望还是生态杀手？
目前，我国已掌握了杨树、桦树、桉树、落叶松、核桃、橘子、苹果、猕猴桃等多树种组织培养技术和外源基因转化技术，建立了多树种组织培养和遗传转化系统；已进行转化的基因主要包括抗虫、抗病、抗除草剂、抗逆境（包括耐盐、耐旱、耐冷、耐高温等）、生殖发育调控、材性改良等方面