天然水晶不仅色不均一，而且常常茶色调(除茶色水晶外)，更有趣的是在晚上白炽灯下，茶黄色水晶不带一点黄色，完全像茶色水晶，若和茶水晶混在一起竟不好辨认。整串项链色较均一，尤其是黄色水晶系列及茶色、黑色的合成晶。合成水晶尤其是彩色合成水晶的第二个特点是颜色均一。而天然的黄色和茶色、黑色水晶色常不均一
真正的天然发晶是含碧玺、阳起石、金红石等矿物的晶体,这些矿物各有其晶形,如阳起石的“竹节状”形态。它们被包在水晶中，无方向性随意排列，粗细长短各异，并常伴有天然水晶所固有的包裹体和绵等
近来市面上一些无色合成水晶，因晶核和合成晶都是无色，加之在晶核中有一些天然包体特征或在晶核与合成晶之间的一些气泡，使一些未有经验的人很容易误认为是天然水晶。有些气泡呈蝌蚪状，头多向壁尾向外排列。天然水晶中也常有沿一个面排列的群包体出现，但这个面常是单一的、有起伏变化的，并且组成该面的包体在宝石显微镜下会发现多为二相包裹体，而不只是气泡
一些合成水晶内常有一些三角形长管状气孔，在这些气孔中有绿色或红色粉状物。天然水晶中常有包裹体和绵，而合成水晶晶莹剔透。个别合成水晶有气泡或一些固体杂质。合成水晶的第三个特点是净洁无瑕。这种长管的特点是沿一个方向平行排列，断面为三角形，内常有不均匀的绿色或红色粉状物沿壁分布，中间往往是空的
合成水晶最大的特点是有子晶晶核。合成水晶若有晶核则较好判断，因为晶核一般为无色的长板柱状，与周围合成晶界线清楚