第一次刺孔一般在接种后15天左右，当菌丝直径达8—12cm时，用牙签在接种穴周围刺孔4~6个；第二次在菌丝大部分接连后进行，用毛衣针刺孔6~8个；第三次刺孔在整个菌袋发满时进行，用筷子削尖刺孔25~60个，要适当深刺至袋芯，让菌丝发满发透。发菌一段时间后，菌袋就需要刺孔增加氧气，以满足菌丝生长要求。5、刺孔增氧。刺孔掌握的原则是要先少后多、先浅后深，孔穴先细后粗。整个发菌过程一般需刺孔3次
长毛菌污染和处理过的小面积其他杂菌污染袋可采取散袋、低温、通风、暗光培养，辅以适时刺孔，增氧助长，大部分都能恢复正常。3、问题菌袋的处理。污染绿霉菌的，可采用覆土厌氧法培养。整袋发生污染不可救药，要深埋或烧毁。受链孢霉污染的用5%硫酸铜进行局部防治。整袋没发菌的，可按接种常规要求进行补接；1~2个穴孔没发菌的，不用补接，可适时对发菌穴进行刺孔增氧，促使迅速生长
采用窑洞、果库养菌的，必须将菌袋放在距洞口15m以内，以免影响发菌，出现“哑巴”袋。1、培养室要选择干燥、清洁、暗光、通风的场所。使用前要进行一次药物消毒，密封门窗24小时，使用时撒一些石灰细沫，增强消毒效果
整个转色过程需要15~20天，必须在越夏管理之前完成。转色是靠调节干湿差而形成的,转色促熟的适宜温度是15~25℃，最适为18~22℃，湿度要控制在85%左右，辅以适当的通风和散光刺激。菌丝长满菌袋后，会出现苞米花状瘤状物，待菌袋表面出现大量瘤状物后，菌袋进入转色期管理。转色后期要加强通风，控制转色不能太厚，以防造成出菇困难。转色过程中菌袋内常常分泌出黄色汁液，要及时刺孔排出，以防造成菌袋污染。6、适时转色。转色好的菌袋菌膜呈有光泽的棕红色或浅茶褐色，菌皮厚薄适当，具有较强的韧性。香菇菌袋转色好坏直接影响出菇的快慢、产量和质量，同时，转色能为香菇菌袋营造一个保护层，保证菌袋安全越夏
要在翻堆过程中注意检查菌袋发菌情况，及时将杂菌感染的菌袋与发菌正常的菌袋分室排放管理。一般情况下，第一次刺孔后就要改变垛形。2、改变垛形，分类管理。随着气温的回升，应及时将菌袋由码柴式堆放改为“#”或“△”型，堆放不要超过6层
香菇属好气性真菌，及时适量的通风可促使菌丝迅速生长，并能有效防止杂菌污染。温度是菌丝生长发育的重要条件，适宜的温度菌丝生长迅速而茁壮，温度过高过低都不利于香菇菌丝生长，应将袋温控制在20~25℃为宜。养菌中后期要控制袋温不超过30℃，以防烧袋。4、控制袋温，加强通风。通风一般选择早、晚温度低时进行