另一种是由于使用未经充分腐熟的有机肥所致。未腐熟有机肥继续发酵，各种细菌大量繁殖，致病菌侵入君子兰肉质根内导致烂根，或是土壤过于板结妨碍根部呼吸，引起厌氧菌大量繁殖，导致烂根。根系腐烂后，植株失去吸收水分和养分的功能，叶片营养不足而发生病变，最后烂心或整株死亡
能导致腐烂的病菌有很多种，根据发病部位和原因，可归为两种类型。君子兰砍头病，实际上是一种腐烂病，由细菌感染所致
一种是由于气温过高，湿度太大、通风不良，或光线太暗及嫩叶基部积有肥料残渣、灰尘等污物所致，细菌通过叶片伤口或新叶糼嫩组织侵入体内，继而大量繁殖，造成叶片腐烂以致烂心。其防治方法是：首先彻底清除腐烂部位，将花盆侧放，反复用0.3%的高锰酸钾溶液清洗干净，再用多菌灵粉剂涂于创处
防治方法是将病株翻盆取出，剪掉烂根烂叶，用清水洗净，再将其根部在0.3%的高锰酸钾溶液中浸泡2—3小时，再植入经消毒的新盆土中即可