由于使用时天气条件会直接影响到细菌性农药中的细菌活性，从而影响效果，因此在使用时须特别注意天气条件。细菌生物农药是当前蔬菜无公害栽培重点推广使用的新型保护药剂
所以，喷施细菌生物农药应最好在傍晚或阴天进行
阳光阳光中的紫外线对芽孢有杀伤作用。此外，紫外线辐射会使伴孢晶体变形降效。据试验，阳光直射0.5小时，芽孢死亡率达50%左右；直射1小时，芽孢死亡率达80%
雨水喷施细菌生物农药后不久，如遇中到大雨，会将喷洒在作物茎叶上的菌液淋冲掉而降低药效；但如果在施药5小时后下雨，则不但不会降低防效，反而有增效作用
湿度细菌生物农药中细菌的芽孢喜潮湿环境，因此，使用时田间湿度越大，药效越高，尤其是喷施粉状生物制剂农药更应注意田间湿度。一般在清晨和傍晚有露水时喷施细菌粉剂，以利于菌剂较好地粘在作物茎叶上，并促进芽孢繁殖，提高药效
据试验，在气温25～30℃时施用细菌生物农药的药效比在10～15℃时提高1～2倍。在低温条件下，芽孢在害虫体内繁殖速度慢，蛋白质晶体也不易发生作用。温度细菌生物农药的活性成分是蛋白质晶体和有生命的芽孢