高锰酸钾具有残留少、不易造成药害等特点，在花卉病害防治方面也很有用武之地。高锰酸钾是一种强氧化剂，在农业生产上常用于土壤、种苗消毒，防治农作物病害
种苗消毒用0.1％高锰酸钾溶液浸种2小时或苗木消毒处理，可预防软腐病、霜霉病及根茎病害
苗期至开花期用600至800倍液高锰酸钾喷洒，5至7天喷1次，连续喷3至4次，可有效地防治软腐病、霜霉病。生长期防治花卉播种出土后的苗期，用800至1000倍高锰酸钾溶液喷洒，每隔7至10天喷洒1次，连续3至4次，可防治矮牵牛、一串红、万寿菊等花卉苗期猝倒病，效果优于常规农药。在花卉病毒病发生始期，用600至800倍液高锰酸钾喷洒，每5至7天喷洒1次，连续喷洒3至4次，或用高锰酸钾与双效助长素病毒K等量混合1000倍液喷洒，对防治病毒病有显著的效果。也可将上述浓度的高锰酸钾溶液浇根，用以防治根腐病
同时，防止与强碱性农药混合使用。因此，在使用时忌用死水、污水或热水，并做到随配随用。花卉使用高锰酸钾注意事项，因高锰酸钾是一种强氧化剂，与有机物容易发生还原反应，失去杀菌效力
土壤消毒播种前，苗床土整地后，用400至600倍高锰酸钾溶液喷洒，后用塑料薄膜覆盖密封曝晒1周左右，即可揭膜播种或扦插育苗。在盆栽花卉方面，可向配制好的营养土喷洒高锰酸钾溶液，用薄膜密封一段时间后使用。可有效地防止立枯病、茎枯病、猝倒病、根腐病的发生