但是这时的叶芽生长点组织，尚未发生形态变化。花芽分化分为生理分化期和形态分化期。生理分化期先于形态分化期1个月左右。在花芽生理分化过程中主要是积累组建花芽形成所需要的营养物质以及激素调节物质、遗传物质等物质，是各种物质在生长点细胞群中，从量变到质变的过程，为形态分化奠定一定的物质基础
因此，掌握其规律，并在适当的农业技术措施下，充分满足花芽分化对内外条件的要求，使每年有数量足够和质量好的花芽形成，对提高产量具有重要的意义。果树的花芽分化是开花结果的基础。花芽分化的变化规律与果树各品种的特性、植株活动状况、外界环境条件以及农业技术措施都有密切的关系
花芽分化首先取决于果树体内的营养水平，具体说就是取决于芽生长点细胞液的浓度，细胞液浓度又取决于体内物质的代谢过程，同时又受体内内源调节物质(如脱落酸、赤霉酸、细胞激动素等)和外源调节物质(如多效唑、B9、乙烯利、矮壮素等)的制约。任何单一的因素都不能全面地反映果树花芽形成的木质。相反激素的多少与运转方向又受体内物质代谢、营养水平及外界自然条件、栽培技术措施的影响
生理分化完成后，在植株体内的激素和外界条件调节影响下，叶原基的物质代谢及生长点组织形态开始发生变化，逐渐分化出花芽和叶芽，这就进入了花芽的形态分化期，并逐渐发育形成花萼、花瓣、雄蕊、雌蕊，直到开花前才完成整个花器的发育