该新的体系允许企业和工业界继续使用他们的“绿色”生物燃料商标，但欧盟委员会将对他们使用的这种“绿色”商标进行评估。获得认证的企业其认证有效期为5年，但企业每年要请审核员对自己的经营是否达到认证标准进行一次核查
据《纽约时报》，欧盟委员会6月10日公布了生物燃料认证条例。该条例的出台受到企业界的广泛欢迎，但也有人认为这个认证体系的标准不够完善
该体系不包括控制生产中温室气体排放的标准，比如将农作物转变为生物燃料植物是否会增加温室气体排放、增加了多少，或将草地、泥炭地及森林转变为生产粮食的用地会增加多少排放等，尚无具体的控制标准和指标。有评论家认为，对于发展第二代生物燃料来说，欧洲的这一条例还不充分。生物燃料认证体系旨在保障生产生物燃料的企业在生产过程中不将废弃物堆放到森林中，不影响湿地的水源及其环境价值