1998年，疯牛病丑闻的发生使欧盟消费者对食品安全问题的担心达到了顶点，此后，欧盟便开始拒绝批准任何新的转基因作物在15个成员国里种植和食用
以法国为首的对转基因持怀疑态度的国家认为，在欧盟对安全性检验、标识以及"从农场到餐桌"的追溯调查制定出一系列新的法规之前，应对转基因产品实行暂时禁止
仅美国一方提出的由于欧盟政策导致的农民出口损失就达每年三亿美元，其中主要是玉米。针对欧盟五年来对转基因新品种的事实上的禁令，美国已与阿根廷及加拿大等其他转基因出口国一起向WTO提出了诉讼请求，这一问题一直是引起大西洋两岸贸易摩擦的根源
这项尚需得到欧盟成员国政府最后批准的法规要求食品行业将转基因生物与常规农作物进行隔离，并制定严格的限制措施，防止转基因生物混入传统进口食品
欧盟议会已于2003年7月2日通过了有关法规，强制对所有转基因食品进行标识。这一法规的通过将有可能终止欧盟对转基因农作物的非官方禁令，但也许仍不足以使美国撤消贸易诉讼
该组织希望欧盟能制订转基因农业生产技术方面的法规，以确保不会产生植物间的交叉授粉，并形成一个法律制度，一旦农民或生物技术种子生产者对自然界的生物物种造成损害要承担经济责任。地球之友等环境保护组织担心，一些抗病虫害的转基因作物会与野生亲缘植物杂交，从而形成难以控制的超级杂草
这次通过的新法规规定，在进口到欧盟的非转基因产品中意外混入的转基因物质不能超过0.9%，法规还要求欧盟各国制定"适当的措施"，以保证在成员国中种植转基因作物不会通过交叉授粉传播给传统物种
这项新法规可能将整合到欧盟最终法规体系中，从而将允许成员国重新开始已经停止的转基因审批程序，但对转基因产品持否定态度的人认为还有很多事没做