水分多，地温低，病害容易蔓延，幼苗发育不良；温度高，水分多，幼苗容易徒长。在实践中，一串红在籽苗期严重缺水就容易成为小老苗，观赏辣椒也有相似属性。水分适宜时幼苗生长健壮；水分缺乏时，幼苗处于干渴状态，使叶温上升，会抑制小苗的生长发育；长时间缺水幼苗生长停止，衰老，成为小老苗
地被植物种子发芽出土后，因其根系弱小，在床土中分布浅，所以抗旱能力差，对水的要求较严格，床土应经常保持湿润
在育苗的各个阶段，都有因营养面积太小，为防止争光徒长采取较长时间控水的情况，但这样会导致秧苗老化，这在生产中屡见不鲜。水分过多，根系缺氧，导致吸收障碍。含水量的多少直接影响土壤空气的含量、土壤温度和肥料的分解。育苗时，水的供给量一般不成问题，然而如果育苗天数太长，秧苗长大，后期温度难于控制时，为防止徒长就要采用控水的方法
塑料薄膜温室空气湿度容易偏高，对秧苗的蒸腾作用抑制较重，不利秧苗生长，应适当放风降湿。空气湿度直接影响着水分的蒸发和秧苗的蒸腾。温室或拱棚若突然放大风，在露地空气湿度较低时，会使得秧苗蒸腾太强太快，从而缺水萎蔫，缺水严重的叶片边缘坏死，以至于不能恢复
反之，如床土水分过多通气不良也不利于种子发芽出土。地被植物种子必须在吸足水分之后，才能使胚根抽出，且其他条件适宜时才能发芽。在播种出芽阶段，底水不足会使得种子不能充分吸水，或发芽后出苗前床土严重缺水导致种子处于干渴状态，成为“吊干”芽造成死苗