目前，保护区内生物资源丰富。现已查明，区内有5个植被型组，13个植被型，87个群系；高等植物2582种，国家重点保护野生植物16种，其中国家Ⅰ级3种，国家Ⅱ级13种；陆生脊椎动物31目93科221属360种，其中国家Ⅰ级5种，国家Ⅱ级37种；有51种陆生脊椎动物被列入濒危野生动植物种国际贸易公约（CITES），其中列入附录Ⅰ的物种数7种，附录Ⅱ的物种数32种；有31种中国特有陆生脊椎动物物种，其中两栖类13种、爬行类12种、鸟类4种、哺乳类2种
江西赣江源自然保护区位于石城县与瑞金市的交界地区，总面积16100.85公顷。为确保赣江清水永注，绿水长流，石城、瑞金两县市狠抓源头生态建设，取得显著成效。是江西母亲河赣江的发源地
保护区内有鱼类3目8科16种，淡水贝类8科10属14种，陆生贝类10科15属34种，虾类2科2属2种，蟹类1科1属1种，昆虫16目173科677属1055种，大型真菌2亚门39科84属155种
保护区森林覆盖率高达94.2％，是武夷山脉自然生态系统保存较好的区域之一。2011年12月9日，赣江源自然保护区通过了国家环保部组织晋升国家级自然保护区评审委员会评审