马祖名字源于“长佑海民”的妈祖。明末，当地为倭寇所盘踞，到了清朝初期才又有福州沿海渔民移居此地，并逐渐形成具血缘关系的村落。明朝永乐年间，跟随郑和下西洋的部分船员于回程后在此定居生活，马祖自此与大陆福建沿海来往频繁。马祖的开发始于元朝
马祖当地的居民大都有亲戚朋友居住在福州等地，如今来往日益频繁，这一方面反映了马祖特殊的历史背景，一方面也印证马祖人所言:“我们都是一家人，都是中国人”。在马祖10余个海岛中，南竿岛面积最大，有10.64平方公里，成为马祖列岛的中心，“县政府”、“县议会”、“马祖日报社”、马祖最高学府——马祖高中等都坐落在南竿岛上。比如著名的芹壁聚落，就是典型的闽东民居。马祖的建筑风格、民俗文化也都有着深刻的闽东特色的印记。有趣的是，与金门、澎湖、台湾本岛不同，马祖列岛居民说的不是闽南话，而是福州话，当地人自称为“平话”或“马祖话”
一直以来，马祖的居民主要靠出海捕鱼为生。马祖列岛由南竿、北竿、高登、亮岛、大坵、小坵等10余个海岛组成。但是，近年来，随着近海渔业资源的减少，马祖的经济和社会发展遇到了挑战，当地居民开始将目标锁定在发展观光业，准备将马祖打造成“海上的桃花源”
除了各种海鲜，马祖还有鱼面、继光饼、马祖酥、芙蓉酥，这些都是有名的福州小吃。马祖的虾皮闻名遐迩，据说产量占全台湾的1／3
这几年来，为了发展观光业，马祖一直在致力于改建机场、扩建码头、新建饭店、修筑道路等。马祖不光要吸引更多的台湾民众来观光休憩，未来也将吸引更多的大陆居民来此寻幽览胜。如今，马祖已拥有南竿、北竿两个机场，大大方便了民众和观光客的出入，其它工程建设也在紧锣密鼓地进行
发展观光产业，马祖有着得天独厚的条件。没有人为的破坏，使得传统的闽东石屋和聚落能够完整的保留，春天的花，夏天的海，马祖一年四季都散发着世外桃源般迷人的气息。这里空气清新、环境优美，没有工业污染。居民不仅在岛上种了大量树木，而且还立下乡规民约对树木进行保护，如今无论走到哪里，都是林木葱绿