目前景区森林覆盖率达90%以上。管委会先后投入近100万元用于景区植树造林，以改善生态环境，并建成了吊桶环遗址的防洪排水工程。同时还建立景区与周边村庄护林防火联防机制，对景区内古树名木逐一建立保护档案，实行分级挂牌管理，邀请专家定期“体检”。为保护好景区生态，神农源（仙人洞）风景名胜区管委会确定了“保护做加法，开发做减法”的保护理念，以省政府批准的《神农源（仙人洞）风景名胜区总体规划》为总纲，建立了包括总体规划、详细规划、地段详细规划、节点详细规划4个层次和区域类、分区类、单体类、专项类4种类型的完整规划体系，逐步把以往单一的视觉景观保护更多转向生物多样性保护，变点状保护为网络式保护，变景区内保护为区域联动保护，变绝对保护为平衡保护
万年县神农源（仙人洞）风景名胜区仙人洞、吊桶环遗址在申报世界文化遗产和景区申报国家4A级景区的同时，乱采乱伐、不文明观光等破坏景区环境的行为却时有发生