作为我国海洋生物技术领域的学科带头人和海洋动物生殖与遗传工程学科带头人，湿地保护是他近年来十分关注的一个问题。"我们必须充分的认识到，维护一个良好的、功能强大的湿地生态系统是保障中华民族长远发展的需要。"中国科学院海洋研究所研究员、博士生导师，第十届全国人大代表，致公党中央常委、山东省副主委、青岛市主委，原青岛市政协副主席相建海说
相建海指出，湿地与森林、海洋并称为全球三大生态系统。我国是世界湿地大国，目前有自然湿地3620万公顷，约占国土面积的3．77％，我国湿地孕育着2200多种野生植物和1770多种野生动物，《湿地公约》所列的各类湿地在我国均有分布。湿地具有强大的生态功能，是人类社会赖以生存的生命支持系统；湿地具有丰富的提供物产功能，是社会经济可持续发展的重要物质基础；湿地具有独特的文化功能，孕育并传承着人类的文明。健康的湿地生态系统，是国家生态安全体系的重要组成部分和实现经济与社会可持续发展的重要基础
相建海强调，我们必须牢固树立科学的发展观，坚持经济发展与生态保护相协调，正确处理好湿地保护与开发利用、近期利益与长远效益的关系，绝不能以破坏湿地资源，牺牲生态为代价换取短期经济利益。要把加强湿地保护，恢复湿地功能，作为改善生态状况和全面建设小康社会的一件大事，予以高度重视，并切实抓紧抓好。要紧紧围绕扩大湿地面积，提高湿地功能这一核心，全面推进湿地保护、湿地恢复、湿地合理利用示范以及湿地管护能力建设，到2010年使50％的自然湿地得到有效保护，初步建立起结构较为合理、功能较为优化的湿地保护网络体系，逐步扭转湿地面积减少和功能退化的局面
其次，影响湿地保护管理工作的一些基本问题未得到解决，特别是思想认识缺位，政策机制缺乏，资金投入缺少，管理体系薄弱。这些问题，导致了一些地方盲目开发利用、乱占滥用湿地的现象不断发生，使湿地面积不断减少，湿地功能不断下降，并且这种趋势还在继续。当前的压力则更多的来自于对经济发展的追求，为了经济建设而过度开发湿地资源。随着国家对生态建设的高度重视，社会对湿地的认识正在经历着把湿地看成是荒滩荒地到将湿地作为国家重要生态资源的转变。相建海认为，1992年我国加入《湿地公约》以后，湿地保护管理工作进一步得到加强，取得了较大成绩。过去的压力主要来自解决吃饭问题，为了增加耕地而大量开垦围垦湿地。首先，面临着经济发展的巨大压力。但我们必须清醒地看到，湿地保护仍然是生态建设中的一个十分突出的薄弱环节，面临的形势还相当严峻。在思想观念上正在经历由注重开发利用到保护与利用并重，并逐步做到保护优先的转变
对功能退化严重的湿地，应积极采取水资源调配、污染控制、生物资源发展等综合措施进行科学修复，努力恢复湿地功能。抓紧制定地方湿地保护条例和法规，促进依法保护管理湿地。相建海建议，一是采取有力措施，加强现有湿地的保护。二是积极开展湿地恢复，扩大湿地面积和提高湿地功能。四是强化制度和机制建设，为湿地保护提供有力保障。在加强现有湿地保护的同时，积极开展湿地恢复。三是处理好保护与利用关系，提高湿地的多元效益。研究建立并完善湿地确权管理、开发占用控制、补偿恢复，以及湿地保护检查、考核、奖惩等相关政策与制度，建立健全部门间湿地保护管理的合作机制，以及社会参与湿地保护的机制，共同协调配合强化湿地保护。应树立科学保护、合理利用的理念，积极探索和推广在保护中科学合理利用，在科学合理利用中巩固保护成果的模式和机制，把湿地保护引入可持续发展轨道。对有条件恢复的区域，应积极恢复湿地，扩大湿地面积。本着保护优先的原则，对湿地资源实行普遍保护，坚决制止随意侵占破坏湿地的行为