同时，该项目还进行了农药残留降解菌的生态学研究，采用发光酶基因与绿色荧光蛋白（GFP）标记法研究了农药降解菌生态效应，这一研究接近国际先进水平。研究人员还开展了降解菌株的基础研究，进行了一系列难降解有机化合物代谢途径与物质循环的研究、降解菌的分子生态学研究、降解性基因的定位与克隆、降解酶基因的表达与酶学研究、基因工程菌的构建与其环境释放安全性评价、工程菌的稳定表达与高效表达等研究，建立了一整套有毒难降解有机化合物、微生物降解研究的手段与方法，构筑了全面的技术平台，研究水平处于国际先进水平
目前，该技术在稻米、茶叶、早竹笋和芦笋等无公害农产品生产应用中取得了显著的经济效益和社会效益。该项目与果蔬鲜切技术、检测技术等配套技术结合，形成了一套低成本的绿色农产品生产加工体系
由南京农业大学承担的“农药残留微生物降解技术的研究与应用”实现了农药残留降解菌剂的工业化生产。该项技术在南京市江宁区土桥镇连续使用3年后，所生产的无公害大米日前经中国绿色食品测试中心检测，无农药残留，达到出口标准，获得绿色食品证书
该菌剂利用微生物所产生的酶类应用于农药残留的原位生物修复技术，达到清除土壤、水体、农产品中有机污染物的目的。该项目针对农产品以及农业生态环境中农药残留严重超标、农产品市场竞争力下降的严重状况，通过筛选高效农药残留降解菌株，经现代化工业大规模发酵制成菌剂。农药残留微生物降解技术是南京农业大学李顺鹏教授领导的研究团队首创的具有自主知识产权的新型原位生物修复技术。该项技术解决了物理、化学处理修复难度大，成本高及二次污染的问题
菌株性能优越，农药残留降解率高达95％～99.8％，菌株本身无毒、无害、无二次污染；有机磷降解菌降解甲基对硫磷的效果达100％。同时，构建了能降解有机氯及有机磷和同时降解3种以上有机磷农药的降解菌各1株，能同时高效降解甲基对硫磷和呋喃丹农药的工程菌1株。同时，该项目建立了农业环境微生物种质资源库，筛选到高效安全降解菌株二十多株