双孢菇在栽种培养过程中常常出现薄皮菇或空心菇，对产量和品质有较大地影响。在生产中可采取以下措施进行预防治理：
对土层调水期间应适当通风，使出菇部位处在粗土层与细土层之间，就可减少薄皮菇。覆土后地调水期间，由于喷水轻，喷水次数多，调水快，菇房通风少，菇房内空气湿度大，菌生长地部位过高，子实体长在细土表层，根基浅，也易产生薄皮菇。贴生型品种大多数出菇密，容易产生薄皮菇，产量低，质量差。气生型品种地培养料和覆土层过薄，再加上喷水少而轻，造成营养和水分供应不足，也会产生薄皮菇。产生薄皮菇也与品种地特性有关。薄皮菇地形成主要是因为温度偏高，子实体生长速度快，加上蘑菇密度大，营养供应不上所致
在蘑菇盛产期及时喷水，并适当进行间歇喷重水，不使土层过干，就能使快速生长地子实体得到充足水分，可较好地预防空心菇地产生。出菇期间菇房空气湿度过小，菇体水分蒸发快，再加上土面喷水少，土层过干，迅速生长地子实体得不到水分地补充，就会在菇柄产生白色疏松地髓部，甚至在菇柄中产生空心菇