其防治方法主要是提高育苗技术，把好“三关”，即“土壤关、种子关、水肥关”
每平方米用1.5克70%五氯硝基苯拌土37.5克撒到带病菌的地上或撒生石灰消毒，以防止蔓延。用50%托布津1000倍～1500倍液或50%多菌灵1000倍～1500倍液浇灌病株根部；也可用福尔马林进行土壤消毒；还可用浓度为2%～3%的硫酸亚铁药液进行喷洒，过10分钟至30分钟后再喷１次清水，洗掉叶面上的药液，以免发生药害。同时要多施钾肥如草木灰类增强苗木抗病能力。化学药剂防治是一项重要的防治措施，但绝不可代替一系列的培育壮苗的技术措施。发现病株后，应立即将病株拔掉并烧毁，同时挖出带病菌的土，回填新土。在防治病害时可采用化学药剂预防，常用1：1：100的波尔多液（即由1份硫酸铜、1份生石灰加100份水配制而成），每平方米用药液112克，在苗木出土后，每隔10天左右喷洒1次，连续4～5次，对立枯病的防治效果显著
“水肥关”就是在苗木生长过程中要做好合理的灌溉和施肥工作，防止旱涝发生，促使幼苗健壮生长
“种子关”就是要在做好选种、种子消毒、催芽等工作的基础上适时、适量进行播种
非侵染性发病主要是因为圃地积水、土壤板结、覆土过厚及以烈日曝晒等引起，使种芽腐烂，苗根窒息腐烂或日灼性猝倒。早涝霜冻土壤粘重、排水不良的圃地或在幼苗出土后2个月内连续下雨、土壤含水量太大或土温过高时发病均重。厚朴立枯病病原有非侵染性和侵染性两类。侵染性发病主要是病菌所致。病菌在土壤中越冬，早春播冻后就开始活动，在土壤温湿度适宜的情况下，侵染幼苗；另一方面病苗又为病菌提供养分，使其大量繁殖，从而继续传染
土壤消毒，每平方米可用1%～3%硫酸亚铁液4.5千克喷洒或撒施11～15克硫酸亚铁粉末后翻土；也可用福尔马林50毫升加水6～12千克浇灌浇完后用草袋覆盖10天。“土壤关”就是要选好苗圃地，不用过于阴湿地作苗圃地，圃地应设置良好的排水体系，防止积水，并做好苗圃地的土壤消毒工作
苗木发病后蔓延迅速，常造成成片死亡。立枯病的症状，有4种类型：第一种腐烂型，主要发生在幼苗尚未出土时，种子或幼芽产生腐烂现象；第二种梢腐型，发生在幼苗出土后茎梢腐烂，幼苗死亡；第三种猝倒型，发生在幼苗出土后1个月左右，在接近地面的苗茎基部腐烂变成褐色，使苗木倒状；第四种根腐型，发病时苗木根部腐烂、枝茎生暗黑斑纹，继而全株枯死。立枯病常发生于苗期，并多发生在梅雨季节
此外，前茬种棉花、马铃署、花生、番茄、大豆、瓜类的园地或老苗圃地做苗床时易于发病；使用没有充分发酵的堆肥、厩肥，施用过量的氮肥，种子处理不当或采用遮阴育苗措施等亦易引起病害